O DPE pede que sejam realizadas obras de infraestrutura e ampliação nos locais, e que os presos dos setores sejam inseridos em prisão domiciliar ou remanejados para outros locais. As duas repartições do Conjunto Penal intituladas de ""Seguro A"" e ""Seguro B"" e a cela 23-A são compostas por quatro celas cada. Segundo a DPE, deveriam comportar, no máximo, dois internos por cela, ou seja, um total de 16 pessoas. Contudo, de acordo com órgão, foi constatado que nesses locais estão mais de 113 internos.
O intermitente tem direito a auxílio maternidade Conjunto Penal de Eunápolis é o único da cidade, e é destinado a presos do sexo masculino condenados e, excepcionalmente, a presos provisórios, das comarcas de Eunápolis, Belmonte, Itabela, Itapebi, Porto Seguro, Guaratinga, Itagimirim e Santa Cruz Cabrália. Conforme a DPE, as irregularidades no local foram constatadas após a realização de uma visita para fiscalização, no dia 3 de outubro de 2016. Na ocasião, segundo o órgão, o defensor público Fábio Gonçalves Fonseca constatou ""flagrantes de desrespeito aos direitos humanos dos custodiados"".