O ex-presidente da Câmara foi preso no dia 19 de outubro de 2016, em Brasília. Atualmente, ele está detido no Complexo Médico-Penal em Pinhais, na Região Metropolitana de Curitiba.
Na página Caça-níqueis denúncia oferecida à Justiça Federal, o Ministério Público Federal (MPF) acusado Eduardo Cunha de receber propina em um contrato da Petrobras para a exploração de petróleo no Benin, na África.