Francisco de Brito também vem usando do cargo que ocupa para obstruir a coleta de provas das improbidades das quais é acusado, ainda segundo o MP. O prefeito de Itapebi responde a processo movido pelo MP, de autoria do promotor Bruno Gontijo Teixeira, baseado na Lei 8429/92, que versa sobre improbidade administrativa.
Entre audicar os atos de improbidade cometidos pelo gestor listados na decisão liminar do juiz Roberto Freitas estão: 1 – Não pagamento de 60% dos recursos do Fundeb para pagamento dos salários dos professores no exercício de 2013; 2 – Desvio de recursos do Fundeb para pagamentos de despesas de outras áreas não relacionadas à educação; 3 – Não aplicação de pelo menos 25% de recursos próprios na educação municipal; 4 – Extrapolação do limite prudencial definido na Lei de Responsabilidade Fiscal para pagamento de pessoal em 2013, em mais de 10%.